Printer Friendly

Turkiye'de Yayilis Gosteren Bazi Ixodid Kene Turlerinin 16S rDNA Filogenisi Temelli Molekuler Karakterizasyonu/Molecular Characterization Based on 16S rDNA Phylogeny of Some Ixodid Ticks in Turkey.

GIRIS

Omurgalilarin ektoparaziti olan keneler, zorunlu kan emici artropodlardir. Keneler dunyanin butun karasal bolgelerinde yasamlarini surdururler ve bu bolgedeki hayvan ve insanlardan kan emerek beslenirler (1, 2). Keneler konaklarindan kan emerek direkt olarak zarar verdigi gibi ayni zamanda bircok bakteriyel, viral ve protozoon etkenin naklinde de rol oynayarak insan ve hayvanlara indirekt olarak zarar verirler (1, 3). Kene-kaynakli hastaliklar bir yandan onemli bir halk sagligi tehdidi olustururken, diger yandan da ozellikle ciftlik hayvanlarinda hastaliga ve hatta olumlere sebep olarak ciddi ekonomik kayiplara yol acmaktadirlar (4, 5). Keneler dunyadaki hayvan sagligi bakimindan en onemli hastalik vektoru ve halk sagliginda ise sivrisineklerden sonra 2. onemli vektor olarak tanimlanirlar (3).

Kene-kaynakli hastaliklarin onemi dolaysiyla kenelerin onemi tum dunyada giderek artmaktadir (6). Bu hastaliklardan bazilari ulkemizde de yaygin olarak gorulmektedir (7). Keneler hastalik yapan mikroorganizmalarin naklinde sadece vektorluk rolu ustlenmezler, ayni zamanda da rezervuardirlar. Bundan dolayi kene kaynakli hastaliklarin dagilimi vektor keneler tarafindan belirlenmektedir. Dolayisiyla kenelerle ilgili ayrintili epidemiyolojik, ekolojik, biyolojik ve molekuler genetik calismalara gereksinim duyulmaktadir. Son yillarda giderek artan kene-kaynakli salginlar bu durumun ne kadar onemli oldugunun gostergesidir (6, 8). Bu salginlara en iyi orneklerden bir tanesi de 2002 yilinda Turkiye'nin kuzeyinde baslayan Kirim-Kongo Kanamali Atesi epidemisidir. Bu yildan sonra hastalik diger bolgelere yayilmis ve insan vakalari da giderek artmistir (9, 10). Halen de bolgedeki kenelerde virus tespit edilmekte (11) ve maalesef her yil insan vakalari ve olumler devam etmektedir (12). Benzer bir durum ulkemizdeki hayvanlarda hastalik meydana getiren ve ozellikle ciftlik hayvanlarinda mortaliteye ve ekonomik kayiplara sebep olan theiloriosis, babesiosis ve anaplasmosis gibi kene-kaynakli hastaliklarda da soz konusudur (7). Bu acidan Turkiye icin de bir hayli oneme sahip olan keneler uzerine detayli calismalara ihtiyac duyulmaktadir.

Keneler hakkinda yapilan ilk calismalardan bu yana taksonomisinde uzun yillar sadece morfolojik ozellikler kullanilmistir. Ancak son yillarda gelisen molekuler yontemlerin sayesinde bircok kene turu molekuler olarak karakterize edilmis ve bazi turlerin taksonomisindeki muglak noktalar aydinlatilmistir (13). Kenelerin molekuler genetik ozellikleri Polimeraz Zincir Reaksiyonunun (PZR) kesfi ve sekans analizlerinin yayginlasmasindan sonra ortaya cikmis ve ilk molekuler filogenetik veriler elde edilmeye baslanmistir (14). Bu tip calismalar ilerleyen yillarda giderek artmis ve kene taksonomisine, genetigine, molekuler biyolojisine ve epidemiyolojisine onemli katkilar saglamistir (15). Bu sayede yeni kene turlerinin varligi ortaya cikmis ve hatta soy bazinda degisiklikler olmustur. Ornegin, onceleri morfolojik olarak soy seklinde tanimlanan Boophilus soyu yapilan filogenetik analizler sonucunda ayri bir soy olmadigi anlasilmis ve Rhipicephalus soyunun icerisine dahil edilmistir (16). Diger yandan gunumuzde yeni kene turu tanimlama calismalarinda morfolojik ve genetik verilerin bir arada kullanilmasiyla yapilmaktadir (17). Ayrica ulkeler bazindaki kene turlerine ait ilk bildirimler de her iki metot kullanilarak yapilmaktadir (18). Bu durum kene taksonomisinde saglam temelli verilerin yer almasi ve dogru epidemiyolojik verilerin elde edilmesini saglamaktadir.

Turkiye'de bugune kadar var olan kene turlerinin molekuler karakterizasyonu uzerine cok az veri bulunmaktadir. Yapilan calismalar incelendiginde Ixodes ricinus (19), I. arboricola (20), I. kaiseri (18), Dermacentor marginatus (21) ve soy/genogrup/kompleks bazinda Haemaphysalis erinacei (22), Rhipicephalus sanguineus sensu lato ve Rh. bursa (23), Hyalomma soyundaki bazi turler (H. aegyptium, H. asiaticum, H. excavatum, H. marginatum) ve I. ricinus (24) nesillerine ait parsiyel gen bolgeleri uzerine verilerin bulundugu gorulmektedir. Bu calismada ise, Turkiye'nin bazi bolgelerinde yerlesik dogal kolonileri bulunan 17 ixodid kene turune ait birer neslin parsiyel 16S rDNA gen bolgesine gore filogenetik karakterizasyonu yapilmistir.

YONTEMLER

Morfolojik Analizler

Bu calismada, farkli zaman dilimlerinde Ankara, Bolu ve Kirsehir yorelerinden toplanmis ve molekuler analizler acisindan uygun kosullarda (%70 alkol icerisinde -20[degrees]C'de) muhafaza edilmis ixodid kene orneklerinden 17 ture ait birer nesil materyal olarak kullanilmistir. Incelenen kene nesillerine ait bilgiler Tablo 1'de sunulmustur. Oncelikle Zeiss (Stemi 2000-C, Zeiss, Almanya) marka stereo mikroskop (uzerine montajlanmis AxioCam dijital kamera ve ZEN yazilimi ile birlikte) altinda kenelerin morfolojik tur tayinleri yapilmistir. Tur tayinleri morfolojik kriterlere gore yapilmis ve Hoogstraal, 1956 (25), Arthur, 1965 (26), Filippova, 1977 (27), Filippova, 1997 (28), Walker ve ark., 2000 (29), Apanaskevich, 2003 (30), Estrada-Pena ve ark., 2004 (31), Apanaskevich ve Horak, 2005 (32) ve Apanaskevich ve Horak, 2008 (33)'de belirtilen teshis anahtarlarindan yararlanilmistir. Morfolojik olarak identifiye edilen kene turlerinden birer ornek secilerek molekuler islemler yapilincaya kadar -20[degrees]C'de saklanmistir.

DNA Ekstraksiyonu ve PZR

Her bir kene orneginden bireysel olarak DNA ekstraksiyonu yapilmistir. Bunun icin ilk once ornekler %70'lik etil alkolde yikanmis, steril su ile kurulanmis ve steril filtre kagidinin uzerinde kurutulmustur. DNA ekstraksiyonundan once keneler SpeedMill PLUS (Analytikjena, Jena, Almanya) sogutmali homojenizatorde homojenize edilmistir. Sonraki basamakta DNA ekstraksiyonu icin her bir tupteki supernatant alinmis ve yeni bir mikrosantrifuj tupune aktarilmistir. Supernatantlardan blackPREP Tick DNA/RNA (Analytikjena) kiti kullanilarak uretici firmanin protokolune gore DNA'lar izole edilmistir. Elde edilen DNA'lar PZR yapilana kadar -20[degrees]C'de saklanmistir.

Genetik analiz icin 16S+1 (5'-CTGCTCAATGATTTTTTAAATTGCTGTGG-3') ve 16S-1 (5'-CCGGTCTGAACTCAGATCAAGT-3') primerleri kullanilarak ixodid kenelerin 16S ribozomal DNA (16S rDNA) bolgesinin yaklasik 460 baz cifti (basepair = bp) uzunlugunda fragmentini amplifiye eden PZR protokolu uygulanmistir (14). PZR toplam 30 [mu]l'lik hacimde yapilmistir. Her reaksiyonda 3 [mu]l genomik DNA, 0.2 mM dNTP, her bir primerden 0.2 mM, 3 mM MgC[l.sub.2], son konsantrasyonda 1X olacak seklide PCR buffer ve 1 unite Platinum Taq DNA Polymerase (Invitrogen, Sao Paulo, Brezilya) kullanilmistir. Termal profil; 94[degrees]C'de 2 dk. enzim aktivasyon basamagi ve takiben 40 siklus 94[degrees]C'de 30 sn., 60[degrees]C'de 30 sn., 72[degrees]C'de 45 sn. olarak ayarlanmistir. Son ekstensiyon basamagi ise 72[degrees]C'de 10 dk. olarak belirlenmistir. PZR reaksiyonu TProfessional Termal cyclerde (Biometra, Analytikjena) gerceklestirilmistir. Her bir reaksiyonda DNase-RNase icermeyen saf su negatif kontrol olarak kullanilmistir. PZR urunlerinden 10 [mu]l alinarak %1,5'lik agoroz jelde yurutulmus UV altinda uygun buyuklukteki spesifik bantlarin varligi kontrol edilmistir.

Sekans ve Filogenetik Analiz

PZR urunleri QIAquick[R] Extraction Kit (Qiagen, Hilden, Almanya) kullanarak agaroz jelden purifiye edilmistir. Sekans analizleri PZR primerleri kullanilarak cift yonlu olarak yapilmistir. Sekans ABI PRISM[R] BigDye[R] Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, Foster City, California) ile uretici firmanin protokolu dogrultusunda gerceklestirilmistir. Sekansi yapilan urunler ise DyeEx 2.0 Nucleospin nucleotide removal kit (Qiagen) kullanilarak temizlenmistir. Otomatize floresan sekansi ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems) ile yapilmistir.

Sekans kromatogramlari BioEdit yazilimi (34) kullanilarak kontrol edilmis ve duzenlenmistir. Izolatlara ait son konsensus dizilimler GenBank veri tabaninda "nucleotide BLAST" (National Center for Biotechnology Information, www.ncbi.nlmn.nih.gov/BLAST) analizine tabii tutulmus ve farkli ulkelerden rapor edilmis izolatlarla benzerlik oranlari kiyaslanmistir. 16S rDNA filogenetik analiz veri seti toplam 69 izolata ait nukleotid sekanslarindan olusturulmustur. O. megnini "dis grup" olarak kullanilmistir. Filogenetik analiz icin 384 bp.'lik bir kisimdan yararlanmistir. 16S rDNA veri setine en uygun evrimsel analiz modelini belirlemek icin jModeltest versiyon 0.0.1 (35) yazilimi kullanilmistir. Akaike Information Criterion (AIC) kullanilarak en uygun model olan general-time reversible modeli (GTR+I+G) secilmistir. Filogenetik analizler ve agac olusturulmasi MEGA 7.0 (36) yaziliminda "maximum likelihood" metodu kullanilarak 1000 tekrarli bootstrap ile yapilmistir. Calismada elde edilen nukleotid sekanslari GenBank'a ilgili aksesyon numaralari (Tablo 2 ve Sekil 1) altinda depolanmistir.

BULGULAR

Morfolojik identifikasyonla D. marginatus, D. reticulatus, H. aegyptium, H. anatolicum, H. detritum, H. excavatum, H. marginatum, Ha. erinacei, Ha. inermis, Ha. parva, Ha. punctata, Ha. sulcata, I. laguri, I. ricinus, Rh. bursa, Rh. sanguineus ve Rh. turanicus olarak identifiye edilen toplamda 17 kene turunden birer nesle ait genomik DNA izolatlarinin parsiyel 16S rDNA gen bolgesi PCR analizleri basarili bir sekilde gerceklestirilmis ve tum PCR urunleri sekanslanmistir.

Bu calismada morfolojik olarak identifiye edilen Turkiye'nin kene turlerine ait 16S rDNA nukleotid sekanslarinin GenBank veri tabaninda yapilan BLAST analizleri sonucunda; D. marginatus turunun Cin'in Xinjiang bolgesindeki bir koyundan elde edilmis D. marginatus isolate WQ-DM12 (aksesyon nu. KX555654) ile %100 identik oldugu; D. reticulatus turunun Almanya'daki laboratuvar kolonisinde bulunan D. reticulatus isolate Z0015 (aksesyon nu. JF928493) ile %97,7 oraninda nukleotid benzerligi gosterdigi; H. aegyptium turunun Israil'deki bir H. aegyptium isolate Haegy2 (aksesyon nu. KU130408) ile %100 identik oldugu; H. anatolicum turunun Hindistan'daki laboratuvar kolonisinde bulunan H. anatolicum isolate IzatnagarLHa (aksesyon nu. HM176656) ile %99,7 oraninda benzerlik gosterdigi; H. detritum turunun Cin'in Xinjiang bolgesindeki bir H. detritum isolate XJ142 (aksesyon nu. KC203346) ile %98,6 oraninda benzerlik gosterdigi; H. excavatum turunun Turkiye'den elde edilmis bir H. excavatum isolate TRY17 (aksesyon nu. MG418672) ile %99,7 oraninda benzerlik gosterdigi; H. marginatum turunun Israil'deki bir H. marginatum isolate Hymr1 (aksesyon nu. KT391060) ile %99,7 oraninda benzerlik gosterdigi; Ha. erinacei turunun Turkiye'de insandan toplanmis bir Ha. erinacei isolate Tokat (KX901845) ile %99,7 oraninda benzerlik gosterdigi; Ha. inermis turunun Slovakya'daki bir Ha. inermis (aksesyon nu. U95872) ile %99,3 oraninda benzerlik gosterdigi; Ha. parva turunun GenBank veri tabaninda herhangi bir kene sekansi ile anlamli (tur bazinda) benzerligi bulunmadigi ve en yakin olarak bir Ha. sulcata (aksesyon nu. KX576650) ile %92,2 oraninda nukleotid benzerligine sahip oldugu; Ha. punctata turunun Cin'deki bir koyundan elde edilmis Ha. punctata isolate Xinjiang-CBCE2 (aksesyon nu. MF002566) ile %100 identik oldugu; Ha. sulcata turunun GenBank veri tabanindaki bir Ha. cretica (bu isim Ha. sulcata'nin sinonimidir) (aksesyon nu. L34308) ile %99,5 oraninda benzerlik gosterdigi; I. laguri turunun GenBank veri tabaninda herhangi bir kene sekansi ile anlamli (tur bazinda) benzerligi bulunmadigi ve en yakin olarak bir I. ricinus (aksesyon nu. JN248424) ile %94,1 oraninda nukleotid benzerligine sahip oldugu; I. ricinus turunun GenBank'daki bir I. ricinus (aksesyon nu. L34292) ile %99,7 oraninda benzerlik gosterdigi; Rh. bursa turunun Korsika'daki bir Rh. bursa (aksesyon nu. KX553962) ile %99,5 oraninda benzerlik gosterdigi; Rh. sanguineus turunun Misir'daki bir koyundan elde edilen bir Rh. sanguineus isolate Alexandria-2 (aksesyon nu. KY945493) ile %99,5 oraninda benzerlik gosterdigi; Rh. turanicus turunun ise Karadag'daki bir Rh. turanicus isolate Tivat (aksesyon nu. KX793721) ile %99,7 oraninda nukleotid benzerligi gosterdigi tespit edilmistir.

Molekuler analize tabi tutulan kene turlerine ait nukleotid benzerlik yuzdelerini, eslesen kene turlerini ve GenBank aksesyon numaralarini iceren veriler Tablo 2'de ozetlenmistir. Ayrica bu calismada elde edilen 16S rDNA nukleotid sekanslari ile Gen-Bank'ta kayitli sekanslarin bir araya getirilerek yapilan maximum likelihood temelli filogenetik analiz sonucunda elde edilen filogenetik agac Sekil 1'de sunulmustur.

TARTISMA

Bugune kadar Turkiye'deki kene turlerine ait molekuler verilere bakildiginda kisitli oldugu gorulmektedir. Bunlardan, Istanbul'da ac halde toplanan I. ricinus turunun parsiyel cytochrome oxidase I (coxI), cytochrome oxidase II (coxII), TROSPA ve defensin gen bolgeleri (19), Samsun'daki gocmen kustan elde edilen I. arboricola'nin parsiyel 12S rRNA bolgesi (20), Nigde'deki bir insandan D. marginatus'un parsiyel 16S rDNA bolgesi (21) ve Ankara'da bir tilkiden elde edilen I. kaiseri'nin parsiyel 16S rDNA bolgesi (18) sekanslanmis ve identifikasyonlari yapilmistir. Bunlarin yaninda Tokat'ta insanlardan ve Sivas'ta kirpilerden toplanan Ha. erinacei orneklerinin parsiyel coxI ve 16S rDNA bolgeleri sekanlanmis ve diger ulkelerden elde edilen Ha. erinacei ornekleri ile beraber filogenetik analizleri yapilmistir (22). Ankara, Giresun, Mugla, Rize ve Tekirdag illerindeki vejetasyondan ve evcil hayvanlardan toplanan Rh. sanguineus sensu lato, Rh. c.f. turanicus ve Rh. bursa turlerinin parsiyel 16S rDNA bolgesi sekanslanmis ve filogenetik iliskilerine bakilmistir (23). Son olarak, Turkiye'nin cesitli yerlerinden toplanan H. asiaticum, H. aegyptium, H. excavatum ve H. marginatum turlerinin parsiyel 16S rDNA ve H. asiaticum, H. excavatum, H. marginatum ve I. ricinus turlerinin ise parsiyel 12S rDNA bolgeleri sekanslanmis ve filogenetik iliskileri incelenmistir (24).

Yapilan bu calismada ise Ankara, Bolu ve Kirsehir illerinin cesitli bolgelerdeki hayvanlardan ve dogadan ac halde (konak arayan) toplanan Dermacentor, Haemaphysalis, Hyalomma, Ixodes ve Rhipicephalus soylarindaki toplamda 17 kene turune ait parsiyel 16S rDNA gen bolgeleri sekanslanmis ve filogenetik iliskilerine bakilmistir. Bunlardan I laguri'nin bugune kadar ilk kez 16S rDNA karaterizasyonu yapilmis ve bu ture ait GenBank veri tabanindaki toplamda ikinci kaydi olmustur. Ayrica GenBank'ta hakkinda cok az veri bulunan Ha. inermis, Ha. parva ve Ha. sulcata turlerine ait elde edilen genetik veriler ile GenBank veri tabanina katkida bulunulmustur. Ek olarak bugune kadar GenBank'ta Turkiye'den kaydi bulunmayan D. marginatus, D. reticulatus, H. anatolicum, H. detritum, Ha. inermis, Ha. parva, Ha. punctata, Ha. sulcata ve I. laguri turlerine ait genetik veriler ilk defa kayit altina alinmistir.

Yapilan filogenetik analiz sonucunda I. laguri'nin I. ricinus ile yakin bir genetik iliskiye sahip oldugu ve I. ricinus kompleksinin bir diger uyesi olan I. persulcatus ile beraber ayni koldan geldigi gorulmustur (Sekil 1). Bilindigi uzere parafiletik bir grup olan I. ricinus kompleksi filogenetik olarak birbirine yakin genetige sahip yaklasik 14 turden meydana gelmekte olup, ozellikle Lyme hastaliginin vektoru olan turler bu kompleks icerisinde yer almaktadir (37). Ancak, 2017 yilina kadar GenBank'ta I laguri'ye ait genetik verinin bulunmamasindan dolayi, bu turun filogenetik iliskisi belli degildi. Bu calismadaki 16S rDNA filogenisi, I. laguri turunun I. ricinus kompleksindeki turler ile yakin genetik iliskiye sahip oldugunu ve bu kompleksin bir uyesi olabilecegini gostermistir. Benzer sekilde, I. laguri'nin cox1 ve ITS2 filogenisi de, soz konusu kompleksteki turlerle olan baglantisini gostermistir (38). Ancak bu iliskinin kesinlestirilebilmesi adina I. laguri'ye ait daha fazla sayida ornek ile Ixodes soyuna ait detayli filogenetik analizlerin yapilmasi gerekmektedir.

Haemaphysalis soyunda yer alan turlerin filogenetik agactaki yerlerine bakildiginda en carpici sonucun Ha. parva turune ait oldugu gorulmektedir. Cunku, GenBank'ta bu ture ait sadece 8 kayit vardir. Bunlardan da sadece 2'si 16S rDNA'yi iceren mitokondriyon sekansidir. Ancak, ilginc bir sekilde yapilan BLAST analizi sonucunda bu calismada elde edilen Ha. parva sekansinin GenBank'ta kayitli olan 2 sekans (aksesyon nu. NC_020335 ve JX573136) ile uyusmadigi ve en yakin olarak %92,2 ile Ha. sulcata ile benzerlik gosterdigi saptanmistir. Uyusmayan iki kaydin oldugu makale incelendiginde, morfoturun nasil identifiye edildigi ve kullanilan tani anahtarlarinin ne oldugu ile ilgili ayrintili bir bilgiye rastlanmamistir. Yazarlar sadece bu turun Romanya'dan elde edildigini belirtmislerdir (39). Filogenetik analiz, adi gecen calismada elde edilen "Ha. parva'nin" Ha. inermis ile yakin bir genetige sahip oldugunu gostermistir (Sekil 1). Bu durum ilgili calismadaki kenenin morfolojik identifikasyonunun konfirme edilmesi gerektigini gostermektedir. GenBank'ta Ha. parva turune ait baska 16S rDNA iceren sekans verisi olmadigindan dolayi su anda net bir kanaate varmak da zordur ve ancak GenBank veri tabanina bu ture ait yeni verilerin eklenmesi ile bu durum netlesecektir.

Bu calismada, Turkiye'deki Rhipicephalus soyuna ait turlerin genetik iliskilerine bakildiginda 3 turun de (Rh. bursa, Rh. sanguineus ve Rh. turanicus) filogenetik agactaki yerleri net bir sekilde gosterilmistir. Ancak, bunlardan Rh. sanguineus ve Rh. turanicus turlerine ait GenBank veri tabaninda bir hayli sayida sekans verisi yer alsa da bunlarin ic ice gectigi gorulmustur. Bilindigi uzere Rh. sanguineus kompleks/grubu (Rhipicephalus sanguineus sensu lato) 12 turden olusmaktadir. Bunlardan ikisi de Rh. sanguineus sensu stricto ve Rh. turanicus turleridir (40). Fakat bu iki turun ayriminda detayli morfolojik identifikasyon gerekmektedir ki aksi halde kolaylikla karistirilabilmektedir. Bundan dolayi bircok epidemiyolojik arastirmalarda bu karisiklik soz konusu olmustur. Ayrica, ozellikle bu iki tur icin GenBank'taki kayitlarda, morfolojik identikasyondaki hatalardan dolayi, yanlisliklar olabilecegi de belirtilmektedir (41). Nitekim bu durum ile GenBank'taki sekanslarin incelenmesi ve filogenetik analizlerinin yapilmasi sirasinda karsilasilmis ve ilgili nedenden dolayi bu calismadaki filogenetik analize belirli sayida kayitli ornek dahil edilmistir. Bu calismadaki 16S rDNA temelli filogenetik agacta her iki turun ayni koldan geldigi, turlerin kendi aralarinda iki farkli clade olusturduklari ve genetik olarak %3.5 oraninda nukleotid farliligina (15 nukleotid) sahip olduklari gorulmustur (Sekil 1). Esasen, morfolojik olarak bir takim farkliklara sahip olan bu iki tur (28, 29) ve Rh. sanguineus kompleksteki diger turler ile ilgili sistematik olarak bugun bile tam aydinlatilamamis noktalar vardir (40). Bu yuzden kompleksteki turlere ait detayli morfolojik ve cok sayida gen bolgesine yonelik filogenetik calismalara ihtiyac duyulmaktadir.

Turkiye'deki Hyalomma soyunda yer alan turlerin genetik iliskilerine bakildiginda; ozellikle morfolojik olarak bariz farkliliklara sahip olan (32) H. anatolicum ve H. excavatum turleri arasinda 16S rDNA bazinda cok yakin bir genetik benzerlik (%0,5 fark-2 nukleotid farkli) oldugu ve iki turun de tek bir cladede yer aldigi gorulmustur (Sekil 1). Onceleri, morfolojik olarak her iki tur de H. anatolicum'un alt turleri olarak klasifiye edilmis, ancak morfolojik ve biyolojik olarak onemli farkliliklara sahip olan bu iki turun ayri turler oldugu gosterilmis ve bu sekilde klasifiye edilmistir (32). Buna karsin, adi gecen iki ture yonelik olarak yapilan sekansa dayali molekuler calismalarda bazi gen bolgelerinde oldukca yuksek benzerlik ve filogenetik acidan da bir hayli yakin genetik iliski tespit edilmistir. Ornegin; Hindistan'dan toplanan H. anatolicum ve H. excavatum turleri arasinda parsiyel 16S rDNA bolgeleri arasinda %1,68 nukleotid farkliligi oldugu bildirilmistir. Ayrica, H. anatolicum ve H. marginatum arasinda ise %2,83 oraninda nukleotid farkliligi rapor etmislerdir. Olusturulan 16S rDNA temelli filogenetik agacta ise H. anatolicum ve H. excavatum turlerinin tek bir cladede toplandigi gosterilmistir (42). Bir diger calismada, Turkiye'deki Hyalomma soyuna ait 4 turde genetik benzerlik arastirilmis ve H. anatolicum ile H. excavatum turleri arasindaki bu yakin genetik iliski parsiyel 16S rDNA ve 12S rDNA bolgeleri kullanilarak olusturulan filogenetik agaclarda gosterilmistir (24). Ayrica yazarlar ilgili gen bolgelinde H. anatolicum ve H. excavatum arasinda genetik farklilik bulunmadigini ve H. marginatum ile de nukleotid farkinin %3 oldugunu, bu durumun ilgili turlerin farkli turler olarak adlandirilmasi adina yeterli olmadigini belirtmislerdir (24). Bu calismada da, benzer bir sekilde, H. anatolicum ve H. marginatum arasinda %3,1 (13 nukleotid) ve H. excavatum ve H. marginatum arasinda ise %3,5 (15 nukleotid) oraninda nukleotid farkliligina sahip oldugu tespit edilmistir. Ancak, sadece belirli gen bolgeleri benzerliklerine bakarak turler arasinda taksonomik olarak "tur statusu" kazanip kazanmadigi kanaatine varmak mumkun degildir. Cunku bir kenenin tur statusunu belirlemek icin detayli morfolojik, biyolojik ve molekuler verilerin bir araya getirilmesi gerekmektedir. Bundan dolayi adi gecen turlerin molekuler anlamda diger gen bolgelerine bakilmasi ve hatta gerekirse "tum genom" sekanslarinin karsilastirilmasi gerekmektedir. Cunku, bircok ixodid kene turunde bazi gen bolgeleri (ornegin 18S rRNA) hayli korunmustur (43) ve bariz bir sekilde farkli tur olarak tanimlanan bazi Hyalomma turlerinde ayirici yetisi bulunmamaktadir (yayinlanmamis veri). Ayrica, Hyalomma soyundaki bircok turu iceren morfolojik ve filogenetik analizlerin yapildigi bir calismada; iki ayri tur olan H. marginatum ve H. turanicum arasinda %0,44 nukleotid farkli tespit edilirken, H. truncatum'un farkli cografyalardaki bireyleri arasinda %10,22 oraninda nukleotid farki oldugunu tespit edilmistir (44). Bu durumun H. anatolicum ve H. excavatum turleri arasinda da olmasi kuvvetle ihtimaldir. Bu sonuc, tek basina sadece kisitli gen bolgesi kiyaslamalarinin bu turlerin "tur statulerini" kaybetmesi icin yeterli olmadigini gostermektedir. Benzer bir durum H. detritum ve H. scupense turleri arasinda soz konusudur. Uzun yillar birbirleri ile yakin iliskide olan H. detritum ve H. scupense 2 ayri tur olarak klasifiye edilmistir; ancak, son yillarda bazi taksonomistler tarafindan yapilan morfolojik analizler sonucunda H. detritum'un H. scupense'nin sinomi oldugu (45) ve sadece H. scupense isminin kullanilmasi gerektigi one surmuslerdir (2, 45). Ancak, halen bazi kene calismalarinda H. detritum identifiye edilmekte ve bu isim kullanilmaktadir (46-51). Gecmisten beri bu iki kenenin ayriminda kullanilan en buyuk dayanak, biyolojik olarak H. detritum'un iki konakli ve H. scupense'nin ise tek konakli bir gelisim gostermesidir (45). Bu iki kenedeki biyolojik ve ekolojik farkliliklar, Turkiye'deki keneler ile yapilan hem saha hem de laboratuvar calismalarinda gorulmus ve biyolojik ve ekolojik olarak bariz farkliliklari olan ve cografik dagilim bazinda da birbirlerine karismayan bu iki kenenin ilk tanimlamalarda oldugu gibi farkli iki tur olabilecegi one surulmustur (52, Sirri Kar - kisisel bildirim). Ayrica, bazi genetik veriler bu iki kenenin birbirleri ile yakin iliskiye sahip oldugunu, ancak yapilan filogenetik analizler iki farkli cladede toplandiklarini gostermistir (yayinlanmamis veri). Ilgili karmasadan dolayi, olasi bir karisikligin onune gecmek adina bu calismada eski taksonomiye uygun olarak H. detritum adi kullanilmistir. H. detritum'a ait parsiyel 16S rDNA'si sekanslanmis ve GenBank'ta kayitli Cin Halk Cumhuriyet'inden toplanmis H. detritum sekanslari ile %98,4-99,7 arasinda nukleotid benzerligine sahip oldugu ve bu ornekler ile tek bir clade de yer aldiklari tespit edilmistir (Sekil 1). Ayrica, bu calismadaki H. detritum orneginin Pakistan'dan toplanan H. scupense ile %98,2 oraninda nukleotid benzerligine sahip oldugu, ancak ayni koldan gelen farkli cladelerde yer aldiklari gorulmustur (Sekil 1). Ote yandan bu genetik veri ile soz konusu iki turun ayri veya ayni tur oldugu sonucuna ulasmak zordur. Ilgili nedenlerden dolayi, her iki keneye ait detayli molekuler, morfolojik ve biyolojik calismalara ihtiyac duyulmaktadir. Ayrica, yapilan bazi calismalardan da anlasiliyor ki Hyalomma soyunda taksonomik olarak bazi revizyonlarin da yapilmasi gerekmektedir (44).

SONUC

Bu calisma ile; Turkiye'de aktif olarak varligini surduren 17 kene turunun 16S rDNA molekuler karakterizasyonlari yapilmis ve ilgili gen bolgesi temelli filogenetik iliskileri ortaya konmustur. Elde edilen genetik veriler GenBank veri tabanina kaydedilmistir. Ayrica bazi kene turleri icin ilk ve yeni veriler elde edilmis ve filogenetik iliskileri yorumlanmistir. Bu baglamda bu arastirma Turkiye'de simdiye kadar yapilan tur bazinda en genis spektruma sahip molekuler calismadir. Boylece yapilan bu calisma hem bolgesel hem de kuresel anlamda adi gecen kene turlerinin genetik verilere onemli katkida bulunmustur. Ancak, halen Turkiye'de var olan diger ixodid ve argasid kene turlerine ait genetik verilere ihtiyac duyulmaktadir.

Hakem Degerlendirmesi: Dis bagimsiz.

Cikar Catismasi: Yazar cikar catismasi bildirmemistir.

Finansal Destek: Bu arastirma Ankara Universitesi Bilimsel Arastirma Projeleri Koordinasyon Birimi Koordinatorlugu'nce (Proje No:14L0239006) desteklenmistir.

Peer-review: Externally peer-reviewed.

Conflict of Interest: No conflict of interest was declared by the author.

Financial Disclosure: This study was funded by Ankara University Scientific Research Projects Coordination Unit (Project no. 14L0239006).

KAYNAKLAR

(1.) Sonenshine DE. Biology of Ticks. Volume 1. Oxford: Oxford University Press; 1991.

(2.) Guglielmone AA, Robbins RG, Apanaskevich DD, Petney TN, Estrada-Pena A, Horak IG. The hard ticks of the World (Acari: Ixodidae). New York: Springer; 2014.

(3.) Nicholson WL, Sonenshine DE, Lane RS, Uilenberg G. Ticks (Ixodida). Mullen GR, Durden LA, editors. Medical and Veterinary Entomology. London: Academic Press, Elsevier; 2009. p. 493-542.

(4.) Estrada-Pena A., Jongejan F. Ticks feding on humans: a review of records on human-biting Ixodidea with special reference to pathogen transmission. Exp Appl Acarol 1999; 23: 685-715. [CrossRef]

(5.) Jongejan F, Uilenberg G. The global importance of ticks. Parasitology 2004; 129: 3-13. [CrossRef]

(6.) Estrada-Pena A, Ayllon N, de la Fuente J. Impact of climate trends on tick-borne pathogens transmission. Front Physiol 2012; 3: 1-12. [CrossRef]

(7.) Inci A, Yildirim A, Duzlu O, Doganay M, Aksoy S. Tick-borne diseases in Turkey: A review based on one health perspective. PLoS Negl Trop Dis 2016; 10: e0005021.

(8.) Dantas-Torres F, Chomel BB, Otranto D. Ticks and tick-borne diseases: a one health perspective. Trends Parasitol 2012; 28: 437-46. [CrossRef]

(9.) Ergonul O. Crimean-Congo hemorrhagic fever. Lancet Infect Dis 2006; 6: 203-14. [CrossRef]

(10.) Yilmaz GR, Buzgan T, Irmak H, Safran A, Uzun R, Cevik MA, et al. The epidemiology of Crimean-Congo hemorrhagic fever in Turkey, 2002-2007. Int J Infect Dis 2009; 13: 380-6. [CrossRef]

(11.) Orkun O, Karaer Z, Cakmak A, Nalbantoglu S. Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in ticks in Turkey: A broad range tick surveillance study. Infect Genet Evol 2017; 52: 59-66. [CrossRef]

(12.) Leblebicioglu H, Ozaras R, Irmak H, Sencan I. Crimean-Congo hemorrhagic fever in Turkey: Current status and future challenges. Antivir Res 2016; 126: 21-34. [CrossRef]

(13.) Durden LA, Beati L. Modern tick systematics. Sonenshine DE, Roe M, editors. Biology of Ticks. Second Edition, Volume 1. Oxford: Oxford University Press; 2014. p. 17-58.

(14.) Black WC, Piesman J. Phylogeny of hard- and soft tick taxa (Acari: Ixodida) based on mitochondrial 16S rDNA sequences. Proc Nat Acad Sci USA 1994; 91: 10034-8. [CrossRef]

(15.) Meyer JM, Hill CA. Tick genetics, genomics, and transformation. Sonenshine DE, Roe M, editors. Biology of Ticks. Second Edition, Volume 2. Oxford: Oxford University Press; 2014. p. 61-87.

(16.) Murrell A, Baker SC. Synonymy of Boophilus Curtice, 1891 with Rhipicephalus Koch, 1844 (Acari: Ixodidae). Syst Parasitol 2003; 56: 169-72. [CrossRef]

(17.) Venzal JM, Gonzales-Acuna D, Munoz-Leal S, Mangold AJ, Nava S. Two new species of Ornithodoros (Ixodida; Argasidae) from the Southern Cone of South America. Exp Appl Acarol 2015; 66: 127-39. [CrossRef]

(18.) Orkun O, Karaer K. First record of the tick Ixodes (Pholeoixodes) kaiseri in Turkey. Exp Appl Acarol 2018; 74: 201-5. [CrossRef]

(19.) Porretta D, Mastrantonio V, Mona S, Epis S, Montagna M, Sassera D, et al. The integration of multiple independent data reveals an unusual response to Pleistocene climatic changes in the hard tick Ixodes ricinus. Mol Ecol 2013; 22: 1666-82. [CrossRef]

(20.) Keskin A, Koprulu TK, Bursali A, Ozdemir AC, Yavuz KE, Tekin S. First record of Ixodes arboricola (Ixodida: Ixodidae) from Turkey with presence of Candidatus Rickettsia vini (Rickettsiales: Rickettsiaceae). J Med Entomol 2014; 51: 864-7. [CrossRef]

(21.) Celebi ARC, Orkun O. A rare case of tick infestation of the eyelid: case report and literature review. Rev Bras Oftalmol 2016; 75: 144-6. [CrossRef]

(22.) Hornok S, Wang Y, Otranto D, Keskin A, Lia RP, Kontschan J, et al. Phylogenetic analaysis of Haemaphysalis erinacei Pavesi, 1884 (Acari: Ixodidae) from China, Turkey, Italy and Romania. Parasit Vectors 2016; 9: 643. [CrossRef]

(23.) Hekimoglu O, Saglam IK, Ozer N, Estrada-Pena A. New molecular data shed light on the global phylogeny and species limits of the Rhipicephalus sanguineus complex. Ticks Tick Borne Dis 2016; 7: 798-807. [CrossRef]

(24.) Hekimoglu O., Ozer AN. Distribution and phylogeny of Hyalomma ticks (Acari: Ixodidae) in Turkey. Exp Appl Acarol 2017; 73: 501-19. [CrossRef]

(25.) Hoogstraal H. African Ixodidae, ticks of the Sudan. Washington: Burg Med Surg, Dept Navy., US Govt. Print. Of. (USGPO); 1956.

(26.) Arthur DR. Ticks of the genus Ixodes in Africa. London: The Athlone Press; 1965.

(27.) Filippova NA. Ixodid ticks (Ixodinae), Fauna USSR New Ser 4(4). Nauka, Leningrad, Moscow: 1977.

(28.) Filippova NA. Fauna of Russia and neighbouring countries, Arachnoidea, Volum IV, issue 5, Ixodid ticks od subfamily Amblyomminae. St. Petersburg: Nauka Publishing House; 1997.

(29.) Walker BJ, Keirans JE, Horak IG. The genus Rhipicephalus (Acari, Ixodidae): aguide to the brown ticks of the world. Cambridge: Cambridge University, 2000. [CrossRef]

(30.) Apanaskevich DA. The diagnostics of Hyalomma (Hyalomma) aegyptium (Acari: Ixodidae). Parasitologiia 2003; 37: 47-59.

(31.) Estrada-Pena A., Bouattour A, Camicas JL, Walker AR. Ticks of domestic animals in the Mediterranean region. A guide of identification of species. Zaragoza: University of Zaragoza Press; 2004.

(32.) Apanaskevich DA, Horak IG. The genus Hyalomma Koch, 1844. II. Taxonomic status of H. (Euhyalomma) anatolicum Koch, 1844 and H. (E.) excavatum Koch 1844 (Acari, Ixodidae) with redescriptions of all stages. Acarine 2005; 13: 181-97.

(33.) Apanaskevich DA, Horak IG. The genus Hyalomma Koch, 1844: V. Re-evaluation of the taxonomic rank of taxa comprising the H. (Euhyalomma) marginatum Koch complex of species (Acari: Ixodidae) with redescription of all parasitic stages and notes on biology. Internat J Acarol 2008; 34: 13-42. [CrossRef]

(34.) Hall TA. BioEdit: A user-friently biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acid Symposium 1999; 41: 95-8.

(35.) Posada D. jModelTest: Phylogenetic model averaging. Mol Biol Evol 2008; 25: 1253-6. [CrossRef]

(36.) Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: molecular evolutionary genetic analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 2016; 33: 1870-4. [CrossRef]

(37.) Xu G, Fang QQ, Keirans J, Durden LA. Molecular phylogenetic analyses indicate that the Ixodes ricinus complex is a paraphyletic group. J Parasitol 2003; 89: 452-7. [CrossRef]

(38.) Radulovic Z, Mihaljica D, Cosic N, Penezic A, Cakic S, Sukara R, et al. Hard ticks parasitizing European ground squirrel, Spermophilus citellus (L., 1766) (Rodentia: Sciuridae) in Serbia. Acta Zool Bulg 2017; 69: 547-54.

(39.) Burger TB, Shao R, Barker SC. Phylogenetic analysis of the mitochondrial genomes and nuclear rRNA genes of ticks reveals a deep phylogenetic structure within the genus Haemaphysalis and further elucidates the polyphyly of the genus Amblyomma with respect to Amblyomma sphenodonti and Amblyomma elaphense. Tick Tick Borne Dis 2013; 4: 265-74. [CrossRef]

(40.) Nava S, Estrada-Pena A, Petney T, Beati L, Labruna MB, Szabo MPJ, et al. The taxonomic status of Rhipicephalus sanguineus (Latreille, 1806). Vet Parasitol 2015; 208: 2-8. [CrossRef]

(41.) Gray J, Dantas-Torres F, Estrada-Pena A, Levin M. Systematics and ecology of the brown dog tick, Rhipicephalus sanguineus. Ticks Tick Borne Dis 2013; 4: 171-80. [CrossRef]

(42.) Kaur H, Chhilar JS, Chhillar S. Mitochondrial 16s rDNA based analysis of some hard ticks belonging to genus Hyalomma Koch, 1844 (Acari: Ixodidae). J Adv Parasitol 2016; 3: 32-48. [CrossRef]

(43.) Dobson SJ, Baker SC. Phylogeny of the hard ticks (Ixodidae) inferred from 18S rRNA indicates that the genus Aponnoma is paraphyletic. Mol Phylogenet Evol 1999; 11: 288-95. [CrossRef]

(44.) Sands AF, Apanaskevich DA., Matthee S, Horak IG, Harrison A, Karim S, et al. Effects of tectonic and large scale slimatic changes on the evolutionary history of Hyalomma ticks. Mol Phylogenet Evol 2017; 114: 153-65. [CrossRef]

(45.) Apanaskevich DA, Filipova NA, Horak IG. The genus Hyalomma Koch, 1844. X. Redescription of all parasitic stage of H. (Euhyalomma) scupense Schulze, 1919 (= H. detritum Schulze) (Acari: Ixodidae) and notes on its biology. Folia Parasit 2010; 57: 69-78. [CrossRef]

(46.) Karaer Z, Guven E, Nalbantoglu S, Kar S, Orkun O, Ekdal K, et al. Tick on humans in Ankara, Turkey. Exp Appl Acarol 2011; 54: 85-91. [CrossRef]

(47.) Aktas M. A survey of ixodid tick species and molecular identification of tick-borne pathogens. Vet Parasitol 2014; 200: 276-83. [CrossRef]

(48.) Waner T, Keysary A, Eremeeva ME, Din AB, Mumcuoglu K, King R, et al. Rickettsia africa and Candidatus Rickettsia barbariae in ticks in Israel. Am J Trop Med Hyg 2014; 90: 920-2. [CrossRef]

(49.) Moshaverinia A, Moghaddas E. Prevalance of tick infestation in dromedary camels (Camelus dromedarius) brought for slaughter in Mashhad abattoir, Iran. J Parasit Dis 2015; 39: 452-5. [CrossRef]

(50.) Duzlu O, Yildirim A, Inci A, Gumussoy KS, Ciloglu A, Onder Z. Molecular investigation of Francisella-like endosymbiont in ticks and Francisella tularensis in ixodid ticks and mosquitoes in Turkey. Vector-Borne Zoonot 2016; 16: 26-32. [CrossRef]

(51.) Khan V, Zala DB, Joshi KM. Occurence of Hyalomma (Acari: Ixodidae) Koch, 1844 on domestic animal in the Union Territory of Dadra & Nagar Haveli, Indian. J Parasit Dis 2016; 40: 543-5. [CrossRef]

(52.) Kar S, Akyildiz G, Vatansever Z. Trakya'da ineklerde Hyalomma scupense enfestasyonu ve enfestasyonun mevsimsel karakteristigi. 19. Ulusal Parazitoloji Kongresi ve Uluslararasi Katilimli Ekinokokkozis Sempozyumu; 5-9 Ekim Erzurum-Turkiye: 2015. p. 79-80.

Omer Orkun [iD]

Ankara Universitesi Veteriner Fakultesi, Parazitoloji Anabilim Dali, Ankara, Turkiye

Cite this article as: Orkun O. Molecular Characterization Based on 16S rDNA Phylogeny of Some Ixodid Ticks in Turkey. Turkiye Parazitol Derg 2018; 42: 122-9.

Sorumlu Yazar/Corresponding Author: Omer Orkun E.posta: omerorkun@yahoo.com.tr

Gelis Tarihi: 05.02.2018 Kabul Tarihi: 23.03.2018

Received: 05.02.2018 Accepted: 23.03.2018

DOI: 10.5152/tpd.2018.5882
Tablo 1. Calismada incelenen kene orneklerine ait bilgiler

Kene turu                 Gelisim evresi/cinsiyet  Kaynak/konak

Hyalomma marginatum       Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Hyalomma excavatum        Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Hyalomma aegyptium        Eriskin/Disi             Ac (Konak arayan)
Hyalomma detritum         Eriskin/Erkek            Sigir
Hyalomma anatolicum       Eriskin/Erkek            Sigir
Dermacentor marginatus    Eriskin/Disi             Ac (Konak arayan)
Dermacentor reticulatus   Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Haemaphysalis parva       Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Haemaphysalis punctata    Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Haemaphysalis sulcata     Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Haemaphysalis erinacei    Eriskin/Disi             Kirpi
Haemaphysalis inermis     Eriskin/Disi             Ac (Konak arayan)
Rhipicephalus sanguineus  Eriskin/Erkek            Kopek
Rhipicephalus turanicus   Eriskin/Erkek            Ac (Konak arayan)
Rhipicephalus bursa       Eriskin/Disi             Ac (Konak arayan)
Ixodes ricinus            Eriskin/Disi             Ac (Konak arayan)
Ixodes laguri             Eriskin/Disi             Anadolu Yer Sincabi

Kene turu                 Lokasyon

Hyalomma marginatum       Cubuk/Ankara
Hyalomma excavatum        Polatli/Ankara
Hyalomma aegyptium        Mucur/Kirsehir
Hyalomma detritum         Kizilcahamam/Ankara
Hyalomma anatolicum       Kalecik/Ankara
Dermacentor marginatus    Kizilcahamam/Ankara
Dermacentor reticulatus   Kizilcahamam/Ankara
Haemaphysalis parva       Ayas/Ankara
Haemaphysalis punctata    Kizilcahamam/Ankara
Haemaphysalis sulcata     Akyurt/Ankara
Haemaphysalis erinacei    Cubuk/Ankara
Haemaphysalis inermis     Gerede/Bolu
Rhipicephalus sanguineus  Merkez/Ankara
Rhipicephalus turanicus   Kizilcahamam/Ankara
Rhipicephalus bursa       Nallihan/Ankara
Ixodes ricinus            Mengen/Bolu
Ixodes laguri             Mucur/Kirsehir

Tablo 2. Sekanslanan kene orneklerine ait GenBank'taki nukleotid
benzerlikleri

Sekanslanan               Sekanslanan  Nukleotid
kene turu (a)             gen bolgesi  benzerligi (%) (b)

Hyalomma marginatum       16S rDNA     99.7
Hyalomma excavatum        16S rDNA     99.7
Hyalomma aegyptium        16S rDNA     100
Hyalomma detritum         16S rDNA     98.6
Hyalomma anatolicum       16S rDNA     99.7
Dermacentor marginatus    16S rDNA     100
Dermacentor reticulatus   16S rDNA     99.7
Haemaphysalis parva       16S rDNA     92.2 (e)
Haemaphysalis punctata    16S rDNA     100
Haemaphysalis sulcata     16S rDNA     99.5
Haemaphysalis erinacei    16S rDNA     99.7
Haemaphysalis inermis     16S rDNA     99.3
Rhipicephalus sanguineus  16S rDNA     99.5
Rhipicephalus turanicus   16S rDNA     99.3
Rhipicephalus bursa       16S rDNA     99.5
Ixodes ricinus            16S rDNA     99.7
Ixodes laguri             16S rDNA     94.1 (g)

Sekanslanan               Eslesen kene turu
kene turu (a)             (aksesyon numarasi) (c)

Hyalomma marginatum       H. marginatum isolate Hymr1 (KT391060)
Hyalomma excavatum        H. excavatum isolate TRY17 (MG418672)
Hyalomma aegyptium        H. aegyptium isolate Haegy2 (KU130408)
Hyalomma detritum         H. detritum isolate XJ142 (KC203346)
Hyalomma anatolicum       H. anatolicum isolate Izatnagar LHa (HM176656)
Dermacentor marginatus    D. marginatus isolate WQ-DM12 (KX555654)
Dermacentor reticulatus   D. reticulatus isolate Z0015 (JF928493)
Haemaphysalis parva       Ha. sulcata (KX576650)
Haemaphysalis punctata    Ha. punctata isolate Xinjiang-CBCE2 (MF002566)
Haemaphysalis sulcata     Ha. cretica (f) (L34308)
Haemaphysalis erinacei    Ha. erinacei isolate Tokat (KX901845)
Haemaphysalis inermis     Ha. inermis (U95872)
Rhipicephalus sanguineus  Rh. sanguineus isolate Alexandria-2 (KY945493)
Rhipicephalus turanicus   Rh. turanicus isolate Tivat (KX793721)
Rhipicephalus bursa       Rh. bursa (KX553962)
Ixodes ricinus            I. ricinus (L34292)
Ixodes laguri             I. ricinus (L34292)

Sekanslanan               GenBank aksesyon
kene turu (a)             numarasi (d)

Hyalomma marginatum       KR870973
Hyalomma excavatum        KR870972
Hyalomma aegyptium        KR870970
Hyalomma detritum         KR870974
Hyalomma anatolicum       KR870971
Dermacentor marginatus    KR870968
Dermacentor reticulatus   KR870969
Haemaphysalis parva       KR870977
Haemaphysalis punctata    KR870978
Haemaphysalis sulcata     KR870979
Haemaphysalis erinacei    KR870975
Haemaphysalis inermis     KR870976
Rhipicephalus sanguineus  KR870984
Rhipicephalus turanicus   KR870985
Rhipicephalus bursa       KR870983
Ixodes ricinus            KR870982
Ixodes laguri             KR870981

(a) Morfolojik olarak identifiye edilen kene turleri. (b) Elde edilen
kene sekans verileri ile GenBank'ta kayitli sekanslarin BLAST analizi
sonucu nukleotid benzerlikleri. (c) BLAST analizi sonucu eslesen en
benzer sekansa ait veriler. (d) Bu calismada elde edilen nukleotid
sekanslarina ait GenBank aksesyon numaralari. (e) BLAST analizi
sonucunda GenBank'ta kayitli herhangi bir kene turu ile anlamli bir
benzerlik tespit edilememistir. (f) Haemaphysalis cretica ismi
Haemaphysalis sulcata'nin sinonimidir (Guglielmone ve ark., 2014). (g)
Bu kene turune ait GenBank'ta 16S rDNA kaydi bulunmamaktadir.
COPYRIGHT 2018 AVES
No portion of this article can be reproduced without the express written permission from the copyright holder.
Copyright 2018 Gale, Cengage Learning. All rights reserved.

Article Details
Printer friendly Cite/link Email Feedback
Title Annotation:Ozgun Arastirma / Original Investigation
Author:Orkun, Omer
Publication:Turkish Journal of Parasitology
Date:Jun 1, 2018
Words:5630
Previous Article:Kistik Ekinokokkozis Tanisinda Hizli Tani Testinin Uygulanabilirliginin Arastirilmasi/Investigation of the Applicability of a Rapid Diagnosis Test in...
Next Article:Tedaviye Direncli Kronik Blefaritli Olgularda Demodex Paraziti Varliginin Arastirilmasi/Investigation of Demodex Parasite Existence in...
Topics:

Terms of use | Privacy policy | Copyright © 2020 Farlex, Inc. | Feedback | For webmasters