Printer Friendly

SNP discovery from transcriptome of Cashmere goat skin.

Supplementary Table S1. The detailed information of single
nucleotide polymorphism SNP from transcriptome of Cashmere goat
skin

Chromosome   Position    Reference   Alternative

C66945172       18           G            T
C66945172       35           G            C
C66959250       404          G            T
C66959250       405          G            A
C66972824       238          A            C
C66972824       256          A            G
C66973790       35           C            A
C66973790       81           G            A
C66987922       104          G            A
C66996982       65           T            G
C67001928       139          A            T
C66999348       147          A            G
C67009940       170          T            G
C67009940       172          A            T
C67027070       33           T            C
C67029432       32           T            C
C67029432       47           A            G
C67061606       522          A            T
C67072156       27           T            C
C67072156       117          A            C
C67073442       15           C            A
C67073442       19           A            C
C67076514       76           C            T
C67103154       374          T            G
C67106660       175          G            A
C67106660       212          T            C
C67106660       276          T            C
C67113502       45           C           G,T
C67118524       160          G            C
C67140620       14           C            T
C67149002       33           T            C
C67161700       278          C            G
C67166880       269          T            C
C67185434       492          G            A
C67202892       551          T            C
C67226698       274          G            A
C67226698       279          C            G
C67228032       118          C            T
C67230948       510          G            A
C67219434       187          A            T
C67219434       206          T            G
C67235564       38           C            T
C67235564       60           A            C
C67235564       441          C            T

C67235564       450          T            C
C67235564       526          A            G
C67238688       520          G            A
C67238688       568          C            T
C67257536       97           G            A
C67257536       129          G            T
C67257536       341          A            T
C67257536       441          C            G
C67273750       350          A            G
C67289414       257          A            G
C67291576       83           C            T
C67308326       13           C            T
C67308326       49           C            T
C67309626       287          C            T
C67309626       492          T            C
C67314450       101          T            A
C67314450       108          C            T
C67314450       524          T            A
C67339336        3           A            C
C67339336       488          G            A
C67352672       151          A            G
C67352672       152          C            G
C67360286       381          C            T
C67389224       122          A            G
C67396786       63           G            C
C67396786       121          T            C
C67415490       80           A            G
C67415490       544          C            T
C67419348       266          G            T
C67419348       550          T            C
C67445670       414          C            G
C67445670       437          T            C
C67458170       397          T            C
C67458170       417          G            C
C67471546       546          T            C
C67477840       96           A            C
C67492154       31           C            T
C67492154       73           G            A
C67496328       128          A            G
C67496328       212          T            C
C67516375       174          T            C
C67516375       175          G            A
C67516375       409          G            A
C67530499       259          A            G

C67530499       273          T            C
C67544615       42           A            G
C67544615       45           T            G
C67575553       216          C            T
C67607989       530          T            C
C67620491       532          G            A
C67623449       219          G            A
C67634203       413          G            A
C67634203       432          C            T
C67636755       622          G            T
C67656159       735          G            A
C67746741       740          A            C
C67756791       563          G            C
C67781543       536          G            A
C67805091       343          G            A
C67805989       81           G            A
C67820753       44           T            C
C67820753       183          G            A
C67865909       260          A            G
C67865909       304          G            A
C67883725       944          T            C
C67886099       63           A            G
C67890679       378          C            T
C67890679       523          C            T
C67890679       591          G            A
C67955461       808          C            T
C68007049       864          C            A
C68007049       878          C            A
C68049369       501          C            A
C68049369       521          A            G
C68049547       342          C            T
C68062345       184          T            G
C68062345       185          C            A
C68062345       256          C            T
C68092011       467          A            C
C68092011       529          T            C
C68092011       554          A            C
C68111807       272          C            T
C68106373       190          A            G
C68106373       212          G            A
C68112077       487          G            C
C68112077       795          C            T
C68128317       97           A            G
C68146129       781          T            C

C68172465       218          G            A
C68176099       717          G            C
C68191191       298          A            G
C68191191       638          C            T
C68191191       657          C            T
C68191191       658          G            A
C68221337       241          T            G
C68221337       242          A            C
C68275601       304          A            G
C68282609      1047          C            T
C68282609      1064          T            A
C68288689       169          T            G
C68316661       147          C            A
C68326625      1028          A            G
C68374863       407          G            C
C68381863       38           C            T
C68381863       60           G            A
C68418525       786          T            G
C68468885       90           T            G
C68468885       155          C            G
C68469083       333          C            T
C68469083       389          C            T
C68470911       121          C            G
C68500831       318          C            T
C68500831       359          C            T
C68500831      1146          C            T
C68500831      1193          C            T
C68511841       586          C            T
C68551185       853          C            T
C68606375       351          C           T,G
C68606375       507          C            G
C68618003       931          T            C
C68628739      1577          C            T
C68629989       79           T            G
C68665987      1502          G            T
C68678575       64           G            A
C68678575       87           T            C
C68678575       121          A            G
C68678575       431          A            G
C68678575       639          T            C
C68678575       653          G            T
C68703915       739          A            G
C68711315       124          A            G
C68735493      1683          G            T

C68735493      1690          C            G
C68742705      1151          T            C
C68742705      1152          A            T
C68757861      1528          C            T
C68801341      1694          A            G
C68823831       416          A            G
C68823831       461          C            T
C68872113      1263          T           A,G
C68872113      1265          T            A
C69000837      1686          A            G
C69015153      1159          T            C
C69158437       57           G            C
C69158437       68           A            C
C69300387      3842          T            C
chrX          884656         C            A
chrX          921805         C            A
chrX          2264002        C            T
chrX          3385012        G            A
chrX          3415320        G            A
chrX          3452618        C            T
chrX          3536534        A            G
chrX          3633028        T            C
chrX          3728968        G            A
chrX          3907312        G            C
chrX          4579402        A            G
chrX          7096926        A            G
chrX          7343223        T            C
chrX          7618707        T            G
chrX          7698423        T            C
chrX          7699740        C            T
chrX          7700621        T            C
chrX          8314767        G            A
chrX          8315986        T            C
chrX          8338649        G            A
chrX          8340883        G            T
chrX          8340886        G            A
chrX          8341257        T            C
chrX          8349137        T            C
chrX          8395350        A            G
chrX          8536443        G            A
chrX          8540832        G            A
chrX          8542566        G            A
chrX          8568165        C            T
chrX          8580684        T            C

chrX          8631034        T            C
chrX          8719588        A            G
chrX          8721282        C            T
chrX          8750611        A            G
chrX          8778775        C            G
chrX          9025411        C            G
chrX          9025692        T            G
chrX          9025704        C            G
chrX          9028404        C            T
chrX          9028405        T            C
chrX          9028406        G            A
chrX          9050717        C            T
chrX          9051759        T            C
chrX          9114173        A            T
chrX          9114549        T            C
chrX          9115241        A            G
chrX          9125207        T            C
chrX          9126180        T            C
chrX          9130568        C            T
chrX          9143524        T            G
chrX          9771384        A            C
chrX         11231979        T            A
chrX         11232094        C            A
chrX         11387578        T            C
chrX         11390483        C            T
chrX         11392690        C            G
chrX         11469824        C            T
chrX         11682658        C            T
chrX         11842103        G            T
chrX         11968943        A            T
chrX         12123469        G            A
chrX         12476005        T            C
chrX         12507389        T            C
chrX         12547691        A            T
chrX         12691266        T            C
chrX         12719964        C            A
chrX         12828358        C            T
chrX         12829633        T            C
chrX         12893965        T            C
chrX         12941666        T            C
chrX         13426271        C            T
chrX         13426289        A            G
chrX         13429562        T            C
chrX         13429640        T            C

chrX         13566445        G            A
chrX         13646435        A            G
chrX         13887200        A            C
chrX         13887201        G            C
chrX         13948945        G            A
chrX         13982477        T            C
chrX         13984687        T            G
chrX         13989919        C            G
chrX         14018290        C            T
chrX         14027451        T            C
chrX         14027474        C            T
chrX         14471901        T            C
chrX         14472403        T            G
chrX         14477734        A            G
chrX         14494489        A            G
chrX         14541433        C            T
chrX         14541466        T            G
chrX         14565786        T            C
chrX         15003933        G            A
chrX         15116044        C            G
chrX         15661248        C            T
chrX         15681474        T            G
chrX         16083061        G            A
chrX         16083214        G            T
chrX         16114805        A            C
chrX         16300681        T            C
chrX         16300823        C            T
chrX         16334906        A            C
chrX         16342460        T            C
chrX         16365241        G            C
chrX         16392348        A            G
chrX         16401299        G            T
chrX         16424271        A            G
chrX         16861192        A            G
chrX         16864864        C            T
chrX         16882895        C            G
chrX         16885846        T            C
chrX         16900683        T            C
chrX         16900707        T            C
chrX         16904072        T            G
chrX         18139624        C            T
chrX         18154557        C            T
chrX         20064861        A            G
chrX         20115737        G            A

chrX         20137016        A            G
chrX         20137054        A            G
chrX         20160008        A            G
chrX         20525399        C            T
chrX         20525515        G            C
chrX         20549098        G            T
chrX         21641645        A            G
chrX         21655370        G            A
chrX         21681203        T            C
chrX         21681364        T            C
chrX         21681375        T            C
chrX         21682020        C           T,G
chrX         21682173        T            C
chrX         21682633        C            T
chrX         21683339        G            A
chrX         21684272        T            C
chrX         21684982        C            T
chrX         21684999        C            T
chrX         21685603        C            A
chrX         21685694        C            T
chrX         21689734        T            C
chrX         21689813        C            T
chrX         21689846        T            C
chrX         21690569        T            C
chrX         21690812        T            C
chrX         21690839        C            T
chrX         21743245        C            T
chrX         21743419        T            C
chrX         21743445        A            G
chrX         21749494        A            C
chrX         21749502        G            A
chrX         21751051        C            T
chrX         21752031        G            C
chrX         21758719        C            T
chrX         21758721        G            A
chrX         21759354        T            C
chrX         21761025        G            A
chrX         21762181        C            T
chrX         21762186        C            T
chrX         21762188        T            A
chrX         21767033        C            G
chrX         21769726        T            A
chrX         21769778        T            A
chrX         21781354        T            C

chrX         21785106        C            T
chrX         21785114        A            C
chrX         21793796        C            A
chrX         21795702        A            T
chrX         21806342        T            C
chrX         21875161        C            T
chrX         21875163        A            T
chrX         21896553        A            G
chrX         22017736        T            C
chrX         22038537        T            C
chrX         22046721        C            T
chrX         22050026        T            C
chrX         22050037        A            C
chrX         22173268        A            G
chrX         22728471        A            G
chrX         22839127        G            C
chrX         22839177        C            T
chrX         22923771        T            C
chrX         22932708        A            G
chrX         22932803        C            G
chrX         22932804        C            T
chrX         22939666        C            T
chrX         22947081        G            A
chrX         23148150        G            A
chrX         23148481        A            G
chrX         23150895        T            C
chrX         23150909        G            A
chrX         23154767        G            A
chrX         23379154        T            C
chrX         23392144        T            C
chrX         23392151        T            C
chrX         23444683        T            G
chrX         23444684        C            G
chrX         23449960        C            T
chrX         23451832        G            C
chrX         23510496        A            G
chrX         23516779        C            A
chrX         23519261        C            A
chrX         23616063        C            T
chrX         23703952        T            C
chrX         23704668        T            G
chrX         23710496        A            C
chrX         23754407        N            C
chrX         23755992        C            T

chrX         23788997        A            G
chrX         23789226        T            C
chrX         24010982        G            A
chrX         24114060        T            C
chrX         24115270        A            C
chrX         24115331        C            G
chrX         24115871        G            C
chrX         24350222        G            A
chrX         24393091        G            A
chrX         24401606        G            T
chrX         24443427        A            G
chrX         24460112        T            A
chrX         26122347        A            G
chrX         26646292        A            G
chrX         26649998        A            G
chrX         27838381        G            C
chrX         27925749        G            A
chrX         27956591        T            C
chrX         27956636        T            G
chrX         28153133        G            T
chrX         28153171        A            G
chrX         28154454        C            G
chrX         28156551        A            G
chrX         28157880        C            T
chrX         28162490        T            C
chrX         28171504        T            C
chrX         28171572        A            G
chrX         28174568        G            A
chrX         28292909        A           C,T
chrX         28302058        C            T
chrX         28562520        G            A
chrX         28659881        A            G
chrX         28661091        C            T
chrX         28664069        G            A
chrX         28676638        A            G
chrX         28721568        T            C
chrX         28721582        A            G
chrX         28724704        T            G
chrX         28731022        T            C
chrX         28740051        A            G
chrX         30296533        C            T
chrX         31055530        T            C
chrX         31055727        G            T
chrX         31055751        T            C

chrX         31280528        A            G
chrX         31390595        C            T
chrX         31391093        T            A
chrX         31395760        C            T
chrX         31406418        A            G
chrX         31411217        A            C
chrX         31412411        A            G
chrX         31423625        A            C
chrX         31424310        G            T
chrX         31635108        G            A
chrX         31641003        A            G
chrX         31749477        A            C
chrX         31763210        C            T
chrX         31798128        T            C
chrX         31805216        C            T
chrX         31805218        T            A
chrX         36476115        T            G
chrX         36476191        G            A
chrX         37070119        C            T
chrX         37107342        C            T
chrX         37122994        T            C
chrX         37123996        G            A
chrX         37123997        A            G
chrX         37124018        C            T
chrX         37168368        T            G
chrX         37183397        T            C
chrX         37406475        A            G
chrX         37426023        T            C
chrX         37484009        T            C
chrX         37484983        T            C
chrX         37493244        C            T
chrX         37493881        T            C
chrX         37563927        A            C
chrX         37563928        G            C
chrX         37563929        A            C
chrX         37583719        G            A
chrX         37598450        C            A
chrX         37598591        C            A
chrX         37607942        C            T
chrX         37609923        C            G
chrX         37611256        C            T
chrX         37611277        G            T
chrX         37611278        A            G
chrX         37611279        T            G

chrX         37663538        T            C
chrX         37663540        A            G
chrX         37663611        T            A
chrX         37664587        A            G
chrX         37665428        C            G
chrX         37665502        A            G
chrX         37666445        A            G
chrX         37673256        T            C
chrX         37673595        T            C
chrX         37723191        A            G
chrX         37736450        T            C
chrX         37746901        A            G
chrX         37853291        A            G
chrX         37869124        A            G
chrX         37869125        G            A
chrX         37904352        A            G
chrX         37905506        G            A
chrX         37905527        G            A
chrX         37910886        A            G
chrX         37912738        T            C
chrX         37912781        A            G
chrX         37913391        A            G
chrX         37913394        A            G
chrX         37913438        C            T
chrX         37913591        A            G
chrX         37913724        C            T
chrX         37940101        T            C
chrX         37947689        G            A
chrX         38055183        A            G
chrX         38059661        C            T
chrX         38059662        C            T
chrX         38087750        T            C
chrX         38089191        C            A
chrX         38491102        A            T
chrX         38500698        A            G
chrX         38592004        G            A
chrX         38596568        G            C
chrX         38596569        A            C
chrX         38596616        T            A
chrX         38674228        T            C
chrX         38674270        T            G
chrX         38840253        T            C
chrX         38841500        T            C
chrX         38849449        A            G

chrX         38850885        T            G
chrX         38850886        C            T
chrX         38859579        T            C
chrX         38860902        A            G
chrX         38860930        T            C
chrX         38870885        C            T
chrX         38880295        A            G
chrX         39135220        A            G
chrX         39135927        C            A
chrX         39137351        A            C
chrX         39298345        G            A
chrX         39325610        A            C
chrX         39493353        T            C
chrX         39507345        C           T,G
chrX         41060236        A            G
chrX         41870334        C            A
chrX         42164043        A            G
chrX         42209181        C            T
chrX         42209182        A            T
chrX         42209252        A            G
chrX         43194475        C            T
chrX         46793542        A            C
chrX         47618625        G            T
chrX         49938429        T            C
chrX         49952345        C            G
chrX         51319164        C            A
chrX         51320581        A            G
chrX         52350781        T            C
chrX         52355163        A            G
chrX         52355170        G            C
chrX         52385529        G            A
chrX         52399827        A            C
chrX         52399863        T            G
chrX         52433445        T            C
chrX         52436926        T            C
chrX         52437405        T            C
chrX         52469763        A            G
chrX         52472567        C            T
chrX         52666967        T            C
chrX         52964952        C            T
chrX         52965636        A            G
chrX         54179238        C            T
chrX         54189696        A            C
chrX         54262345        A            G

chrX         54267535        T            C
chrX         54267536        G            A
chrX         54292798        T            C
chrX         54328650        G            A
chrX         54331044        T            C
chrX         54332081        C            T
chrX         54414193        C            T
chrX         54415593        G            C
chrX         54417640        T            C
chrX         54417641        G            C
chrX         54417642        A            G
chrX         54419063        A            C
chrX         54419800        C            T
chrX         54419827        C            T
chrX         54419837        G            T
chrX         54420514        T            A
chrX         54421523        T            C
chrX         54421552        T            C
chrX         54422487        G            A
chrX         54493701        C            T
chrX         54495666        G            A
chrX         54533127        T            C
chrX         54533128        C            T
chrX         54535329        C            T
chrX         54581140        A            T
chrX         54582843        T            G
chrX         54627464        A            C
chrX         54766481        G            T
chrX         54811954        T            A
chrX         54811986        A            T
chrX         55149457        T            C
chrX         55269173        C            T
chrX         55270287        G            A
chrX         55273340        A            C
chrX         55278460        A            G
chrX         55286943        A            C
chrX         55351030        T            C
chrX         55370748        G            A
chrX         55395448        A            G
chrX         55395501        A            G
chrX         55478028        G            A
chrX         55496891        A            G
chrX         55497614        G            A
chrX         55497874        C            T

chrX         55504030        T            G
chrX         55548446        A            G
chrX         55548460        G            A
chrX         55578336        G            A
chrX         55578855        G            A
chrX         55579170        G            A
chrX         55703178        C            T
chrX         55747533        A            G
chrX         55778283        G            A
chrX         55778315        G            A
chrX         55788126        C            T
chrX         55859237        T            C
chrX         56177546        T            C
chrX         56190225        T            G
chrX         56193452        T            A
chrX         56442245        T            C
chrX         56456682        A            G
chrX         56459814        T            C
chrX         56681806        A            G
chrX         56693289        A            C
chrX         56693350        A            G
chrX         56713622        A            T
chrX         57165972        G            A
chrX         57219131        G            A
chrX         57219133        G            C
chrX         57322370        A            G
chrX         57322748        A            G
chrX         58932073        A            C
chrX         58941130        G            A
chrX         59558231        G            T
chrX         59572625        C            G
chrX         59753937        A            G
chrX         59838841        T            A
chrX         61362534        T            G
chrX         61389312        T            C
chrX         64189479        C            A
chrX         64351949        G            T
chrX         64351950        T            G
chrX         64622667        A            T
chrX         64634018        T            C
chrX         64675059        T            C
chrX         64695275        G            A
chrX         64855750        G            A
chrX         65584670        G            T

chrX         65584794        C           T,G
chrX         65585396        T            C
chrX         65585408        G            T
chrX         65848492        C            G
chrX         66486478        T            A
chrX         66952817        C            T
chrX         66954597        C            G
chrX         66995758        C            G
chrX         67088882        G            A
chrX         67092415        A            G
chrX         67093061        A            G
chrX         67138338        G            A
chrX         67138488        A            G
chrX         67448180        G            A
chrX         67496321        T            A
chrX         67496323        T            G
chrX         67557739        A            C
chrX         67568458        G            A
chrX         67568459        T            C
chrX         67568462        A            G
chrX         67727023        A            G
chrX         68674149        A            G
chrX         68759757        A            G
chrX         68759758        A            G
chrX         68815871        C            T
chrX         68815872        A            T
chrX         68815874        T            C
chrX         68816205        G            A
chrX         68816206        T            C
chrX         68816953        C            G
chrX         68992555        G            A
chrX         69012233        T            C
chrX         69396473        G            A
chrX         69771526        T            C
chrX         69784080        G            A
chrX         69806935        A            C
chrX         69825873        G            A
chrX         69826302        A            G
chrX         69833014        G            A
chrX         69834828        G            A
chrX         69837196        C            G
chrX         69914379        T            C
chrX         69947696        G            A
chrX         69947931        T            C

chrX         70012129        C            A
chrX         70050913        G            C
chrX         70050922        A            G
chrX         70051275        A            G
chrX         70071978        C            T
chrX         70072237        A            G
chrX         70072429        G            C
chrX         70073735        G            A
chrX         70077450        G            C
chrX         70082262        G            T
chrX         70099528        G            A
chrX         70793912        G            C
chrX         70835566        T            C
chrX         70835749        G            T
chrX         70864083        C            T
chrX         71192113        G            A
chrX         71262902        A            G
chrX         71278385        T            C
chrX         71341544        A            G
chrX         71749704        G            T
chrX         71765969        T            C
chrX         71769544        C            G
chrX         71770052        A            G
chrX         71800638        A            G
chrX         71877754        A            G
chrX         71881889        T            C
chrX         71881890        G            T
chrX         71881891        G            T
chrX         71881989        A            T
chrX         71898049        T            C
chrX         71908580        A            T
chrX         71908584        T            C
chrX         71911056        T            G
chrX         71923145        A            C
chrX         71923172        C            T
chrX         71923175        A            G
chrX         71928870        C            T
chrX         71929399        G            A
chrX         71931489        C            T
chrX         71933268        C            T
chrX         71936329        T            C
chrX         71936782        G            A
chrX         71938113        T            C
chrX         71962285        A            G

chrX         71963433        T            C
chrX         71963522        A            C
chrX         72023728        N            T
chrX         72023729        N            C
chrX         72052929        A            C
chrX         72058794        A            G
chrX         72060125        C            T
chrX         72156060        A            G
chrX         72162087        A            G
chrX         72163234        A            G
chrX         72163618        A            G
chrX         72166593        A            T
chrX         72166624        A            G
chrX         72172363        T            C
chrX         72173550        T            G
chrX         72173551        T            G
chrX         72544536        C            A
chrX         72631898        A           G,T
chrX         72633713        T            C
chrX         72696548        G            A
chrX         72698389        C            T
chrX         72698391        C            T
chrX         72698392        A            G
chrX         72700942        A            G
chrX         72701226        A            G
chrX         72720214        A            G
chrX         72726224        C            T
chrX         72754737        C            G
chrX         72878827        T            G
chrX         72882434        A            G
chrX         72923013        C            A
chrX         72923986        T            C
chrX         72924775        A            G
chrX         72952936        C            T
chrX         72952938        A            G
chrX         72954205        A            G
chrX         72987417        T            C
chrX         72987422        C            T
chrX         74262505        T            C
chrX         74263520        G            A
chrX         74265162        T            C
chrX         74271833        A            C
chrX         74273853        C            T
chrX         74273878        C            A

chrX         74593491        G            A
chrX         74680219        C            T
chrX         74750250        T            A
chrX         74753519        C            T
chrX         74971494        A            T
chrX         74991127        A            G
chrX         75242543        T            C
chrX         75764857        C            T
chrX         77015112        C            T
chrX         77015387        A            G
chrX         77072390        T            C
chrX         77072928        G            A
chrX         77309403        T            C
chrX         77309434        T            C
chrX         77310991        A           T,G
chrX         77311042        A            G
chrX         77311069        G            T
chrX         78030683        G            A
chrX         78074054        T            C
chrX         78552498        T            A
chrX         78557763        C            G
chrX         78723955        C            A
chrX         78783734        T            C
chrX         78969380        T            C
chrX         79221691        G            A
chrX         79224993        C            T
chrX         79234386        T            C
chrX         79254794        C            T
chrX         79254795        C            T
chrX         79254796        A            G
chrX         79255731        T            C
chrX         79255733        C            A
chrX         79256956        G            T
chrX         79320520        T            C
chrX         79327778        T            C
chrX         79331593        A            G
chrX         79357957        C            T
chrX         79358834        T            C
chrX         79361671        T            C
chrX         79391793        T            C
chrX         79395320        C            A
chrX         79396567        T            A
chrX         79397924        A            G
chrX         79398060        C            T

chrX         79398287        G            T
chrX         79398542        A            T
chrX         79426506        G            A
chrX         79431990        C            G
chrX         79447368        T            C
chrX         79455597        C            T
chrX         79457872        A            G
chrX         79523693        A            G
chrX         79597555        C            T
chrX         79603505        C            T
chrX         79604420        T            G
chrX         79608515        T            A
chrX         79610136        T            C
chrX         79610142        A            G
chrX         79610148        T            G
chrX         79741979        A            G
chrX         79760480        A            T
chrX         79813518        A            G
chrX         79813542        G            A
chrX         79816894        G            C
chrX         79816936        C            A
chrX         79817643        C            T
chrX         79817660        T            C
chrX         79817844        T            C
chrX         79817865        A            G
chrX         79818446        C            T
chrX         79819165        C            T
chrX         79828794        G            A
chrX         79832718        C            T
chrX         79833381        G            C
chrX         79834275        A            C
chrX         79835817        C            A
chrX         79849896        T            C
chrX         79849981        C            A
chrX         79850132        G            C
chrX         79857530        C            T
chrX         79868943        A            T
chrX         79872346        G            T
chrX         79913033        C            T
chrX         79915779        T            C
chrX         79916322        C            A
chrX         79916602        T            C
chrX         80072973        A            G
chrX         80833585        T            C

chrX         80955603        C            A
chrX         80981978        T            C
chrX         81530347        C            A
chrX         81541265        G            A
chrX         81541545        T            C
chrX         81583397        G            T
chrX         81583519        C            T
chrX         81583520        A            G
chrX         81606268        G            A
chrX         81606270        G            A
chrX         81606280        G            A
chrX         81606939        T            A
chrX         81611270        T            C
chrX         81622572        G            A
chrX         81636118        T            C
chrX         81636664        G            A
chrX         81650991        C            T
chrX         81666395        T            C
chrX         81666955        G            A
chrX         81667094        T            C
chrX         81667095        C            G
chrX         81667117        G            A
chrX         81667821        G            A
chrX         81667984        T            C
chrX         81668850        A            G
chrX         81822271        G            C
chrX         81969670        T            C
chrX         81970985        C            T
chrX         81974789        C            T
chrX         81983011        A            G
chrX         82029630        T            G
chrX         82029661        G            A
chrX         82030783        A            G
chrX         82031145        A            G
chrX         82031760        T            C
chrX         82038156        G            T
chrX         82054669        A            G
chrX         82414148        C            T
chrX         82421998        A            G
chrX         82425794        C            T
chrX         82425796        A            G
chrX         82489607        G            A
chrX         82734125        T            G
chrX         83301612        G            C

chrX         83860179        G            A
chrX         83896871        C            T
chrX         83909314        C            T
chrX         83909442        A            G
chrX         83930153        G            A
chrX         83938258        T            G
chrX         84353919        G            A
chrX         84399045        G            T
chrX         84482236        T            C
chrX         84485287        A            C
chrX         84485289        T            C
chrX         84485291        A            G
chrX         84485319        A            T
chrX         84567593        G            A
chrX         84568835        C            T
chrX         84570670        G            A
chrX         84581963        C            G
chrX         84611051        A            C
chrX         84614754        A            G
chrX         84740001        A            G
chrX         84752104        C            T
chrX         84752116        A            G
chrX         84758062        A            T
chrX         84787417        A            G
chrX         84885737        C            A
chrX         84886634        A            G
chrX         84902061        A            G
chrX         84902614        G            A
chrX         84906052        A            G
chrX         84907591        A            T
chrX         84908877        A            G
chrX         84929820        C            G
chrX         84933771        T            G
chrX         84933948        C            T
chrX         84933951        C            T
chrX         84941396        T            G
chrX         84968550        C            T
chrX         84968570        C            T
chrX         84974714        T            G
chrX         85361210        T            G
chrX         85402785        A            T
chrX         85402842        T            C
chrX         85402848        A            G
chrX         85411511        C            T

chrX         85431102        T            C
chrX         85431105        C            A
chrX         85517383        G            T
chrX         85520092        G            A
chrX         85529781        A            G
chrX         85533018        C            A
chrX         85568450        T            C
chrX         85950930        A            G
chrX         85951354        C            A
chrX         85962612        A            G
chrX         85966843        G            A
chrX         85967861        C            T
chrX         86039100        T            C
chrX         86279018        A            C
chrX         86279037        G            A
chrX         87259128        G            A
chrX         87496440        C            T
chrX         87498566        C            T
chrX         87498571        A            G
chrX         87507470        A            G
chrX         87581169        T            G
chrX         87581170        T            C
chrX         87583161        C            G
chrX         87684221        A            G
chrX         87847787        T            C
chrX         87848903        T            C
chrX         87922773        A            G
chrX         87922809        C            T
chrX         87923562        G            C
chrX         88336470        G            A
chrX         88336556        T            C
chrX         88714469        A            C
chrX         88760682        G            A
chrX         88769021        T            C
chrX         88769154        T            C
chrX         88783591        A            G
chrX         88787025        G            A
chrX         88808723        T            C
chrX         88808757        G            A
chrX         88815112        A            G
chrX         88838329        A            G
chrX         89015626        T            C
chrX         90822969        G            A
chrX         90826530        A            G

chrX         90836543        C            T
chrX         90882012        A            G
chrX         90882013        G            A
chrX         90883523        A            G
chrX         90907654        T            C
chrX         91068432        A            C
chrX         91068933        A            C
chrX         91069148        G            T
chrX         91174270        A            G
chrX         91176828        C            T
chrX         91177944        A            G
chrX         91177945        C            T
chrX         91177946        A            G
chrX         91180966        C            T
chrX         91218817        A            G
chrX         91221482        A            G
chrX         91232264        C            T
chrX         91236275        A            G
chrX         91242490        A            G
chrX         91242491        C            T
chrX         91640643        C            A
chrX         91641618        T            C
chrX         91674787        G            C
chrX         91683032        G            A
chrX         91683413        T            C
chrX         91781397        A            G
chrX         92296408        A            G
chrX         93363757        A            G
chrX         93476173        A            G
chrX         93485476        A            G
chrX         93589387        A            G
chrX         93820233        T            G
chrX         93824803        C            T
chrX         93829891        T            C
chrX         93844200        G            A
chrX         93855269        C            A
chrX         93880901        G            A
chrX         94030756        T            C
chrX         94030758        G            A
chrX         94464680        C            T
chrX         94500805        A            T
chrX         95048937        G            A
chrX         95111023        T            C
chrX         97537099        A            G

chrX         99845437        A            T
chrX         99845438        G            C
chrX         100492445       C            T
chrX         101129306       G            A
chrX         101131091       T            C
chrX         101131118       C            T
chrX         101134819       T            G
chrX         101164650       T            C
chrX         101189879       C            G
chrX         101467716       G            A
chrX         101521623       A            C
chrX         101527870       G            A
chrX         101529131       C            T
chrX         101534906       A            G
chrX         101534907       T            C
chrX         101534908       G            A
chrX         101640876       A            G
chrX         101647801       A            C
chrX         101853991       G            C
chrX         101854041       T            C
chrX         102140323       T            C
chrX         102384517       A            G
chrX         102766470       T            G
chrX         104161831       G            A
chrX         104169359       G            A
chrX         107153078       T            C
chrX         107259174       C            G
chrX         107302141       A            G
chrX         107399130       C            A
chrX         107413946       T            C
chrX         107420488       T            C
chrX         107427624       C            T
chrX         107428300       A            G
chrX         107437289       T            A
chrX         107608854       C            T
chrX         107624157       T            G
chrX         107657424       T            C
chrX         107669016       A            G
chrX         107669017       G            A
chrX         107694715       N            G
chrX         107694716       N            G
chrX         107754766       C            A
chrX         107984800       G            A
chrX         107985850       G            A

chrX         107997049       T            C
chrX         108001087       G            A
chrX         108057063       A            C
chrX         108158600       T            C
chrX         108161387       G            A
chrX         108195851       A            G
chrX         108291933       A            C
chrX         108296513       A            G
chrX         108326206       G            A
chrX         108326209       A            G
chrX         108601607       C            T
chrX         109895932       T            C
chrX         110111723       G            A
chrX         110126994       G            A
chrX         110127020       A            C
chrX         110138687       A            G
chrX         110216626       A            G
chrX         110222082       A            T
chrX         111754868       G            A
chrX         111754869       G            A
chrX         111766274       A            T
chrX         111777535       T            C
chrX         111780276       G            T
chrX         111783453       C            T
chrX         111784225       T            C
chrX         111794910       C            T
chrX         111797676       G            A
chrX         111894885       A            C
chrX         111898857       T            C
chrX         111928974       T            A
chrX         111931952       A            T
chrX         111931953       G            C
chrX         111932410       G            A
chrX         111945268       T            C
chrX         111960063       G            A
chrX         112126371       C            G
chrX         112284592       C            T
chrX         112329663       T            C
chrX         112495791       T            C
chrX         112497061       A            G
chrX         112498817       C            T
chrX         112826689       G            A
chrX         112832228       T            C
chrX         112879878       G            A

chrX         112892774       A            G
chrX         112925006       C            G
chrX         112934341       G            C
chrX         112934342       C            A
chrX         112937195       T            C
chrX         112938086       T            C
chrX         112938835       G            C
chrX         113253749       T            C
chrX         113512991       A            C
chrX         113988421       T            G
chrX         114093843       A            G
chrX         114097893       G            A
chrX         114097913       C            T
chrX         114998129       N           C,A
chrX         114998130       N           G,A
chrX         114998839       A            G
chrX         114998840       G            A
chrX         115013677       T            C
chrX         115023872       C            G
chrX         115023942       A            G
chrX         115035917       C            T
chrX         115037296       C            G
chrX         115037297       T            C
chrX         115037298       T            C
chrX         115100151       T            C
chrX         115148655       A            G
chrX         115191599       C            A
chrX         115191600       T            A
chrX         115398298       C            T
chrX         116035161       A           G,T
chrX         116048510       A            G
chrX         116057754       C            T
chrX         116076838       A            G
chrX         116077950       A            G
chrX         116093590       G            T
chrX         116093599       C            T
chrX         116148019       T            C
chrX         116179772       T            G
chrX         116184676       T            G
chrX         116190904       C            T
chrX         116197391       T            C
chrX         116199377       T            A
chrX         116337313       T            C
chrX         116353185       T            C

chrX         116370769       T            A
chrX         116436270       T            C
chrX         116498420       G            A
chrX         116809906       T            C
chrX         116817694       A            G
chrX         116820700       T            C
chrX         117749021       T            C
chrX         117757728       G            A
chrX         117963851       C            T
chrX         117963864       G            C
chrX         117967594       T            A
chrX         117969169       G            A
chrX         117971127       A            G
chrX         117983090       A            G
chrX         117989901       G            A
chrX         117991540       C            T
chrX         118001405       C            T
chrX         118002147       T            C
chrX         118052219       C            T
chrX         118105887       T            C
chrX         118129847       C            T
chrX         118761786       C            A
chrX         118766657       C            T
chrX         118766664       T            C
chrX         118772384       G            T
chrX         118772462       C            T
chrX         118772468       A            G
chrX         118772483       G            A
chrX         119745791       C            T
chrX         119753815       A            G
chrX         119754814       A            G
chrX         119759836       G            C
chrX         120341678       T            C
chrX         120374975       T            C
chrX         120385142       T            G
chrX         120385146       T            G
chrX         121076951       A            G
chrX         121076960       T            C
chrX         121102640       T            C
chrX         121102658       G            T
chrX         121123052       T            C
chrX         121123931       A            G
chrX         121739584       T            C
chrX         121739728       A            G

chrX         121750534       G            T
chrX         121789818       G            A
chrX         121791115       T            C
chrX         121800945       A            G

Supplementary Table S2. The primers are used for amplifying the
flanking sequence of selected 30 single nucleotide polymorphisms

Position   Ensembl transcript ID            Reference   Alternative
                                            allele      allele

3118518    GOAT_ENSBTAP00000025104_gen e    G           A
3138042    GOAT_ENSBTAP00000025104_gen e    T           G
3152902    GOAT_ENSBTAP00000025104_gen e    A           G
3153099    GOAT_ENSBTAP00000025104_gen e    C           G
3153136    GOAT_ENSBTAP00000025104_gen e    A           G
1250786    GOAT_ENSBTAP00000046531_gen e    G           A
1250824    GOAT_ENSBTAP00000046531_gen e    T           C
1081115    goat_GLEAN_10004966_gene         T           C
1081142    goat_GLEAN_10004966_gene         T           C
1081174    goat_GLEAN_10004966_gene         A           G
1256778    GOAT_ENSBTAP00000011175_gen e    C           G
1256789    GOAT_ENSBTAP00000011175_gen e    A           C
1276221    GOAT_ENSBTAP00000011175_gen e    G           A
1276265    GOAT_ENSBTAP00000011175_gen e    T           G
80780872   GOAT_ENSP00000389998_gene        C           T
80783883   GOAT_ENSP00000389998_gene        C           A
80784499   GOAT_ENSP00000389998_gene        A           T
80794826   GOAT_ENSP00000389998_gene        A           G
80800830   GOAT_ENSP00000389998_gene        A           G
80809897   GOAT_ENSP00000389998_gene        C           G
83061080   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     G           A
83123999   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     G           A
83129984   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     C           T
83130002   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     A           C
83134259   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     C           T
83224601   GOAT_ENSBTAP00000035548_gene     C           G
8917558    GOAT_ENSBTAP00000003278_gene     A           C
8929918    GOAT_ENSBTAP00000003278_gene     T           C
8932917    GOAT_ENSBTAP00000003278_gene     A           G
8934111    GOAT_ENSBTAP00000003278_gene     A           G

Position   Upper 5'-3'               Lower 5'-3'

3118518    CAGTCTCGTCATCA GTTTGGA    GATTCTCCAGGCAAGA GCAC
3138042    GGGAGTAGGAGGGA GAATGG     GACTCGGCGTTTCCTC TAGC
3152902    GCCTCCACCACATG GAAT       GCTGCCTGCTGTCATT TCT
3153099    GCCTCCACCACATG GAAT       GCTGCCTGCTGTCATT TCT
3153136    GCCTCCACCACATG GAAT       GCTGCCTGCTGTCATT TCT
1250786    CAAGAAAGCATG GAAAACAC     CCTACATCCTCATCA AAAC
1250824    CAAGAAAGCATG GAAAACAC     CCTACATCCTCATCA AAAC
1081115    GGTTCTCATTTCTTG CCTGTG    TGCTGTAGACTGTTTG GGATG
1081142    GGTTCTCATTTCTTG CCTGTG    TGCTGTAGACTGTTTG GGATG
1081174    GGTTCTCATTTCTTG CCTGTG    TGCTGTAGACTGTTTG GGATG
1256778    GAGGCACTCCTGAA GCAAGT     TGGGCACAATCTGGTG AAC
1256789    GAGGCACTCCTGAA GCAAGT     TGGGCACAATCTGGTG AAC
1276221    CGCCGTAATCTGAC TGGTG      ATCAAGACGCAGGAG GAGGA
1276265    CGCCGTAATCTGAC TGGTG      ATCAAGACGCAGGAG GAGGA
80780872   TCTTTGGCAGGGCT AATCAA     GCAGTTACCAAGCTTT TGCTG
80783883   GGTTCCATGAATTCC ATTCCAA   TGGTTGGTTGGTTGGT TGTT
80784499   AGAGTCTCGCAGGG CCATT      CTGGAGGGTAGT GGCA ACCT
80794826   TGCT AGAGCTGT GG GTCCTC   TGTGGTGGCACAGAAA GGTT
80800830   CGAGGAAACAAGGA GACCAC     CCAGATTTGTCCATTG GGAGT
80809897   TGCAAAGAGTTGGA AATGACTG   CATCAGTTTGCTTGCT AGAGTTG
83061080   AGCATGGGAGTTGG CACTTA     CGATGGAGAAGCCAT AGCAG
83123999   GGCCAAAGGACATT GAAGAAG    TGGCTGAGATATGGAG ACACA
83129984   CTAGCTTGTCGGCA GTCCAT     GCGAATCTATGCAGGT TTGA
83130002   CTAGCTTGTCGGCA GTCCAT     GCGAATCTATGCAGGT TTGA
83134259   TGGAGGGACATTTA CTGCCTTA   GGCTTTCTTTGTCTTCT TGAGC
83224601   ACCCACCTTTGTCTT CATGG     CACGGTGGCACTGGTA AACT
8917558    TGAGCTTCTTCTTGC CCTTG     CTCAGCATCGCCTTCA ACC
8929918    CACACGAGCACAGG TAGTGG     GGGTCGCAAAGAATC AGACA
8932917    CAGCATAACCCTTA GCACACC    CAGTGGAGTTGGATGG GATG
8934111    GCTGATGAGGTACT GCACGA     TGAGGCCCAGCAAGGT TAG
COPYRIGHT 2015 Asian - Australasian Association of Animal Production Societies
No portion of this article can be reproduced without the express written permission from the copyright holder.
Copyright 2015 Gale, Cengage Learning. All rights reserved.

Article Details
Printer friendly Cite/link Email Feedback
Title Annotation:p. S1251-S1281
Author:Wang, Lele; Zhang, Yanjun; Zhao, Meng; Wang, Ruijun; Su, Rui; Li, Jinquan
Publication:Asian - Australasian Journal of Animal Sciences
Article Type:Table
Date:Sep 1, 2015
Words:5355
Previous Article:SNP discovery from transcriptome of Cashmere goat skin.
Next Article:The outcomes of selection in a closed herd on a farm in operation.
Topics:

Terms of use | Privacy policy | Copyright © 2020 Farlex, Inc. | Feedback | For webmasters